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BGISEQ测序仪利用独特的DNA纳米球(DNB)技术,仅使用单个index就实现了前所未有的0.0001%至0.0004%低样本错误分配率。用水代替DNA,加入index,增加空白对照,DNB测序平台发生错误匹配的概率为36 million reads分之一,即0.0000028%[3]

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Platform

 

BGISEQ平台

 

X测序平台

 

Clean bases (Mb)

 

100,163

 

110,083

 

Mapping rate (%)

 

99.47 

 

96.52

 

Unique rate (%)

 

94.33

 

85.14

 

Duplicate rate (%)

 

1.77

 

11.76

 

Mismatch rate (%)

 

0.53

 

0.56

 

Average sequencing depth (X)

 

33.02

 

31.57

 

Coverage (%)

 

99.10

 

98.95

 

Coverage at least 4X (%)

 

98.62

 

98.43

 

Coverage at least 10X (%)

 

97.68

 

97.24

 

Coverage at least 20X (%)

 

93.09

 

91.45

 

Clean bases:过滤掉接头,低质量和含N的reads后剩下的碱基数量;

Mapping rate:碱基比对率,比对到参考基因组的碱基数目除以clean data的碱基数目,如果测序样本存在污染或者与参考基因组差异较大,比对率偏低会影响后续的信息分析;

Unique rate:比对到基因组上唯一位置的base比率,一条reads在相同数量的容错时会有两个或者两个以上的位点都吻合,那么,它的比对结果不唯一。对于某些下游分析,需要去除比对多个位点的reads,只保留唯一比对的reads;

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